Toutes les activités du laboratoire de diagnostic moléculaire de l’ICM sont effectuées au Québec à partir d’installations permanentes situées au premier étage du bloc centre de l’Institut de cardiologie de Montréal.
Afin de répondre en tous points à sa mission, le laboratoire a intégré un système de gestion de la qualité permettant de satisfaire les besoins et les attentes de sa clientèle. En outre, le laboratoire de diagnostic moléculaire est un laboratoire médical accrédité par le Conseil canadien des normes (CCN) et est conforme aux exigences de la norme internationale ISO 15189 :2012 et aux conditions d’accréditation établies par le CCN.

Le laboratoire de diagnostic moléculaire participe à différents programmes de comparaisons interlaboratoires du College of American Pathologists (CAP) et l'European Molecular Genetics Quality Network (EMQN) et procède à l’évaluation des programmes de formation et de perfectionnement, de la formation continue et des compétences. 

Le laboratoire est dirigé par une biochimiste clinique certifiée par l’Ordre des chimistes du Québec et par l’Académie canadienne de biochimie clinique. Les membres de l’équipe incluent un second biochimiste clinique également certifié par l’Ordre des chimistes du Québec, quatre biochimistes (M.Sc. biochimie) membres de l’Ordre des chimistes du Québec, deux bio-informaticiennes (M.Sc. bio-informatique), une technicienne en assurance qualité, une spécialiste en assurance qualité (M.Sc. Sciences biologiques), une technicienne en administration ainsi que cinq technologistes médicales membres de l’Ordre des technologistes médicaux du Québec.

La documentation et les instructions nécessaires sont disponibles dans le répertoire des analyses (inscrire code GENA) à l’adresse suivante :

https://est.omni-assistant.net/icm-ldm/AutoLogin.aspx?User=LDM_ICM_Web

Les politiques internes de notre établissement stipulent que toute requête d’analyse moléculaire doit être encadrée par un(e) professionnel(le) de la santé spécialiste en génétique cardiovasculaire et/ou en génétique médicale. SVP référer le patient à la Clinique de génétique cardiovasculaire de l’Institut de Cardiologie de Montréal ou à une clinique de génétique familiale afin de bénéficier d’une évaluation génétique complète.

L’un des plus importants laboratoires du genre au Canada, le laboratoire de diagnostic moléculaire est en service depuis 2006 et émet plus de 1000 rapports personnalisés par année. Le Ministère de la santé et des services sociaux du Québec lui a accordé la désignation suprarégionale pour les analyses de génétique cardiovasculaire. En collaboration étroite avec la clinique de génétique, le laboratoire de diagnostic moléculaire offre ainsi l’analyse génétique des pathologies cardiovasculaires héréditaires afin de répondre aux objectifs cliniques suivants:
Offrir une analyse génétique moléculaire cardiovasculaire dans le but de :

• Confirmer le diagnostic, évaluer le pronostic et guider le traitement des cas-index;
• Identifier les membres de famille à risque de développer une condition cardiovasculaire héréditaire;
• Identifier les causes de mort soudaine inexpliquée.

Offrir un service complet d’analyse de génétique moléculaire cardiovasculaire incluant la prise en charge totale du spécimen par du personnel technique, scientifique et professionnel hautement qualifié:

• Prélèvement, extraction de l’ADN, analyse par séquençage (cas-index et membre de famille) et classification personnalisée de chaque variant identifié;
• Protocoles et des appareils à la fine pointe de la technologie tout en maintenant de hauts standards de qualité;
• Révision de la classification des variants;

Temps réponse des analyses:
Cas-index (profil de gènes par SPHD/NGS): < 90 jours calendrier
Cas-index prioritaire (profil de gènes par SPHD/NGS): < 28 jours calendrier
Membre de famille (recherche de variant spécifique): < 28 jours calendrier

Actuellement, le laboratoire de diagnostic moléculaire offre des profils de tests moléculaires pour les maladies cardiovasculaires génétiques suivantes :

Cardiomyopathies :
• CMP hypertrophique
• CMP dilatée ou arythmogène du ventriculaire gauche
• CMP arythmogène du ventricule droit
• Amyloïdose TTR

Arythmies :
• Syndrome Andersen-Tawil
• Syndrome de Brugada
• Syndrome du QT long
• Syndrome du QT court
• Tachycardie ventriculaire polymorphe catécholaminergique
• Trouble de conduction
• Arrêt cardiaque inexpliqué

Aortopathies :
• Anévrisme de l’aorte familial non-syndromique
• Anévrisme de l’aorte syndromique
• Syndrome d’Ehlers-Danlos classique
• Syndrome d’Ehlers-Danlos vasculaire
• Syndrome Loeys-Dietz
• Syndrome de Marfan

Dyslipidémies familiales:
• Hypercholestérolémie familiale
• Hyperalphalipoprotéinémie familiale
• Hyperchylomicronémie familiale
• Sitostérolémie

En plus des gènes listés au sein des requêtes, l’offre de service du laboratoire inclut l’analyse de ces variants introniques cliniquement pertinents :

Le laboratoire de diagnostic moléculaire de l'Institut de cardiologie de Montréal prône la qualité. Les analyses de séquences sont réalisées sur place dans des laboratoires nouvellement aménagés à l’aide d’équipements à la fine pointe de la technologie et un personnel hautement qualifié.

Les analyses du Laboratoire de diagnostic moléculaire de l'Institut de cardiologie de Montréal sont effectuées par une méthode de séquençage parallèle de haut débit (SPHD/NGS). La préparation des librairies se fait par capture avec des sondes personnalisées (Twist Bioscience) selon le protocole commercial Illumina DNA Prep with Enrichment de la compagnie Illumina (Analyse validée mais non-homologuée) et permet de cibler minimalement des gènes impliqués dans les cardiomyopathies, arythmies et aortopathies, ainsi que dyslipidémies familiales. Les exons codants ainsi que les frontières intron-exon (-10pb de chaque côté de l'exon) de ces gènes, en plus de certains variants introniques spécifiques (indiqués dans la liste de gènes analysés, par gène), sont par la suite séquencés avec un séquenceur NextSeq2000 et analysés par le serveur d’analyse Dragen Bio-IT de la compagnie Illumina. Une analyse tertiaire annote les variants restreints aux gènes du profil demandé. Les variations génétiques d'un seul nucléotide (SNV) ou les petites variations génétiques (InDel) sont détectées par cette méthode avec une sensibilité analytique de 99,98% et une spécificité analytique supérieure à 99,99%. Les variations du nombre de copies (CNV) sont détectées avec une sensibilité analytique minimale de 87% et une spécificité analytique de 99,96%. Le séquençage direct Sanger peut être employé pour confirmer des SNV/InDel et couvrir les régions de faible couverture au besoin. Tous les CNV rapportables sont confirmés par une méthode décrite dans la section interprétation lorsqu’applicable.
Les informations de ce rapport concernant le positionnement et les isoformes sont assemblés sur le génome de référence GRCh38/hg38 v0.
Certaines régions chromosomiques sont dupliquées sur le génome avec une homologie d'au moins 90% sur plus de 1000pb. Ces duplications segmentales affectent la qualité de l'alignement et par conséquent la sensibilité et la spécificité analytique de détection de variants lors de l'analyse bioinformatique. Ces régions représentent moins de 0,36% de l'ensemble des régions codantes de nos profils.

Le tableau suivant résume les régions correspondantes à des duplications segmentales parmi nos profils :

Tous les variants observés sont recherchés dans la littérature et sont annotés avec une série de bases de données reconnues tels ClinVar, gnomAD (genome Aggregation Database), dbSNP) ou toutes autres sources pertinentes d’information. Également, une évaluation de l’effet in silico du variant sur la protéine est effectuée. La classification finale des variants est effectuée selon les critères de l'American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG) (PMID: 25741868, 2015).
Les rapports d'analyse ne font pas mention des variants génétiques normalement présents dans la population (polymorphismes) ou non liés à la maladie. Cependant, dans l'éventualité où des recherches futures démontreraient un effet délétère de ces variants, ils pourraient être rapportés ultérieurement. Toutes les données sont conservées de façon sécuritaire et accessible pour cette éventualité.
Depuis la création du laboratoire en 2006, la revue de littérature et les interprétations sont réalisées par une équipe qualifiée, qui a une expertise développée sur place qu’on ne trouve nulle part ailleurs. L'équipe participe activement à un programme de formation continue et assure une veille technologique soutenue. Tous les résultats sont validés professionnellement par deux biochimistes cliniques certifiés.

Dre Julie Amyot, biochimiste clinique, Ph.D., C.S.P.Q., F.C.A.C.B., Directrice du laboratoire de diagnostic moléculaire
Dr Benjamin Neveu, biochimiste clinique, Ph.D., C.S.P.Q.
Catherine Barahona-Dussault, M.Sc. Biochimiste
Guillaume Sylvain-Drolet, M.Sc. Biochimiste
Valérie-Anne Codina-Fauteux, M.Sc. Biochimiste
Diana Margarita Victoria Morón, M.Sc. Biochimiste
Sandra Therrien-Laperrière, M.Sc. Bio-informaticienne
Valérie Hay, M.Sc. Bio-informaticienne
Nathalie Lefebvre, Technologiste médicale
Marie-Claude Tessier, Technologiste médicale
Sadia Ouarezki, Technologiste médicale
Nadia Bouzit, Technologiste médicale
Roxane Martel, Technologiste médicale
Fariza Djerroud, Technicienne en administration
Yllmira Darova, Technicienne en assurance qualité
Valérie Normand, M.Sc. Spécialiste en assurance qualité