Laboratoire

Toutes les activités du laboratoire de diagnostic moléculaire de l’ICM sont effectuées au Québec à partir d’installations permanentes situées au premier étage du bloc centre de l’Institut de cardiologie de Montréal.

Afin de répondre en tous points à sa mission, le laboratoire a intégré un système de gestion de la qualité permettant de satisfaire les besoins et les attentes de sa clientèle. En outre, le laboratoire de diagnostic moléculaire est un laboratoire médical accrédité par le Conseil canadien des normes (CCN) et est conforme aux exigences de la norme internationale ISO 15189 :2012 et aux conditions d’accréditation établies par le CCN. Le laboratoire de diagnostic moléculaire participe à différents programmes de comparaisons interlaboratoires du College of American Pathologists (CAP) et l'European Molecular Genetics Quality Network (EMQN) et procède à l’évaluation des programmes de formation et de perfectionnement, de la formation continue et des compétences.

Le laboratoire est dirigé par une biochimiste clinique certifiée par l’Ordre des chimistes du Québec et par l’Académie canadienne de biochimie clinique. Les membres de l’équipe incluent un second biochimiste clinique aussi certifié par l’Ordre des chimistes du Québec et par l’Académie canadienne de biochimie clinique, un biochimiste clinique en voie de certification membre de l’Ordre des chimistes du Québec,  trois biochimistes (M.Sc. biochimie) membres de l’Ordre des chimistes du Québec, deux bio-informaticiennes (M.Sc. bio-informatique), une spécialiste en assurance qualité (B.Sc. chimie) membre de l'Ordre des chimistes du Québec ainsi que quatre technologistes médicaux membres de l’Ordre des technologistes médicaux du Québec.

Nos services

L’un des plus importants laboratoires du genre au Canada, le laboratoire de diagnostic moléculaire est en service depuis 2006 et émet plus de 1000 rapports personnalisés par année. Le Ministère de la santé et des services sociaux du Québec lui a accordé la désignation suprarégionale pour les analyses de génétique cardiovasculaire.  En collaboration étroite avec la clinique de génétique, le laboratoire de diagnostic moléculaire offre ainsi l’analyse génétique des pathologies cardiovasculaires héréditaires afin de répondre aux objectifs cliniques suivants:

Offrir une analyse génétique moléculaire cardiovasculaire dans le but de :

• Confirmer le diagnostic, évaluer le pronostic et guider le traitement des cas-index;
• Identifier les membres de la famille à risque de complications pouvant s’avérer fatales;
• Identifier les causes de mort soudaine inexpliquée.

Offrir un service complet d’analyse de génétique moléculaire cardiovasculaire incluant la prise en charge totale du spécimen par du personnel technique et professionnel hautement qualifié:

• Prélèvement, extraction de l’ADN, analyse par séquençage (cas-index et membre de famille) et classification personnalisée de chaque variant identifié;
• Protocoles et des appareils à la fine pointe de la technologie tout en maintenant de hauts standards de qualité;
• Révision de la classification des variants;
• Participation à différents programmes de contrôle de la qualité tels que ceux offerts par le College of American Pathologists (CAP) et l'European Molecular Genetics Quality Network (EMQN).

Temps réponse des analyses:

Cas-index (profil de gènes par SPHD/NGS): 3 mois

Membre de famille (recherche de variant spécifique): 1 mois

Actuellement, le laboratoire de diagnostic moléculaire offre des profils de tests moléculaires pour les maladies cardiovasculaires génétiques suivantes :

Cardiomyopathies :

• Cardiomyopathie hypertrophique
• Cardiomyopathie dilatée et Non-compaction ventriculaire gauche
• Cardiomyopathie ventriculaire droite arythmogène
• Amyloïdose

Arythmies :

• Syndrome Andersen-Tawil
• Syndrome de Brugada
• Syndrome du QT allongé
• Syndrome du QT court
• Tachycardie ventriculaire polymorphe catécholergique
• Mort subite inexpliquée

Aortopathies :

• Anévrisme de l’aorte familial
• Syndrome d’Ehlers-Danlos classique 
• Syndrome d’Ehlers-Danlos vasculaire
• Syndrome Loeys-Dietz
• Syndrome de Marfan

Dyslipidémies familiales:

• Hypercholestérolémie familiale
• Hyperalphalipoprotéinémie familiale
• Hyperchylomicronémie familiale
• Sitostérolémie

Une description détaillée des maladies ainsi que les profils des tests moléculaires associés sont décrits en cliquant sur le nom de la maladie concernée.

Méthodes

Le laboratoire de diagnostic moléculaire de l'Institut de cardiologie de Montréal prône la qualité. Les analyses de séquences sont réalisées sur place dans des laboratoires nouvellement aménagés à l’aide d’équipements à la fine pointe de la technologie et un personnel hautement qualifié.

Technologies :

Les analyses du laboratoire de diagnostic moléculaire de l'Institut de cardiologie de Montréal sont effectuées par une méthode de séquençage parallèle de haut débit (SPHD), aussi appelée Next-Gen Sequencing (NGS) en anglais. La préparation des librairies se fait par capture (Nextera) selon le protocole commercial TruSight Cardio Sequencing de la compagnie Illumina et permet de cibler des gènes impliqués dans les cardiomyopathies, arythmies et aortopathies. Les exons codants ainsi que les frontières intron-exon (-2pb de chaque côté de l'exon et -6pb pour le premier exon) de ces gènes sont par la suite séquencés avec le séquenceur MiSeq et analysés par notre flux de travail bioinformatique personnalisé. La couverture est de 100%. Toutes les séquences couvertes à moins de 20x sont répétées par la méthode de séquençage direct de Sanger.

Au niveau du traitement bio-informatique des données brutes générées, les lectures de séquences sont filtrées et puis élaguées aux extrémités pour en assurer la qualité. Un rapport de séquençage est généré pour chaque patient. Les lectures de séquences sont ensuite alignées sur le génome de référence Hg19 (GRCh37.3) à l’aide d'un algorithme adapté à cette trousse de préparation de librairie. Le pipeline bio-informatique, validé à l’aide des résultats du NIST (National Institute of Standards and Technology), du Platinum Genome d’Illumina et des échantillons en provenance du GIAB (Genome in a Bottle) Consortium, a été conçu pour en assurer le plus haut niveau de qualité, de stabilité et une traçabilité complète des échantillons.

Les régions génomiques complexes pour le séquençage sont analysées d’emblée en séquençage direct Sanger pour assurer la qualité des résultats. Ces régions intrinsèques aux génomes sont composées, par exemple, de séquences répétées ou de duplications segmentaires connues dans la littérature ou encore un contenu en GC particulièrement élevé ou bas. En plus, tous les variants cliniquement pertinents identifiés par SPHD, toutes les régions qui n’atteignent pas le seuil de couverture 20X ainsi que tous les variants à tester chez les membres de famille sont confirmés par la méthode de séquençage direct Sanger, méthode de séquençage reconnue mondialement comme étant l’étalon d’or.

Performance analytique :

La profondeur de couverture moyenne est de 300X pour le séquençage parallèle à haut-débit. Le seuil de profondeur de couverture clinique utilisé est de 20X, où la sensibilité et la spécificité analytiques sont à 100% à ce seuil.
Toutes les régions codantes sous 20X sont vérifiées par séquençage direct Sanger.
Tous les variants cliniquement pertinents sont confirmés par séquençage direct Sanger.

Interprétation des résultats :

Tous les variants observés sont recherchés dans la littérature et sont annotés contre une série de bases de données reconnues tels ClinVar, gnomAD (genome Aggregation Database), dbSNP, 1000 Genomes Project, ESP (Exome Sequencing Project) ou toutes autres sources pertinentes d’information. Également, une évaluation de l’effet in silico du variant sur la protéine est effectuée. La classification finale des variants est effectuée selon les critères de l'American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG) (PMID: 25741868, 2015).

Les rapports d'analyse ne font pas mention des variants génétiques normalement présents dans la population (polymorphismes) ou non liés à la maladie. Cependant, dans l'éventualité où des recherches futures démontreraient un effet délétère de ces variants, ils pourraient être rapportés ultérieurement. Toutes les données sont conservées de façon sécuritaire et accessible pour cette éventualité.

Depuis la création du laboratoire en 2006, la revue de littérature et les interprétations sont réalisées par une équipe qualifiée, qui a une expertise développée sur place qu’on ne trouve nulle part ailleurs. L'équipe participe activement à un programme de formation continue et assure une veille technologique soutenue. Tous les résultats sont validés professionnellement par deux biochimistes cliniques certifiés.

Tableau descriptif concernant les duplications segmentales

Certaines régions chromosomiques sont dupliquées sur le génome avec une homologie d'au moins 90% sur plus de 1000pb. Ces duplications segmentales affectent la qualité de l'alignement et par conséquent la sensibilité et la spécificité analytique de détection de variants lors de l'analyse bioinformatique. Ces régions représentent moins de 0,02% de l'ensemble des régions codantes de nos profils. Le tableau suivant résume les régions correspondantes à des duplications segmentales parmi nos profils.

Pour une demande de tests :

Formulaires :

Les documents suivants sont nécessaires pour toute demande de tests :

• Requête d’analyse de génétique cardiovasculaire (30 juin 2020)
• Requête d'analyses de génétique Dyslipidémies familiales (30 juin 2020)

Formulaires de consentement

• Consentement pour un test génétique (2020)

Spécimen requis :

Nous acceptons les spécimens de sang total ainsi que les spécimens d’ADN déjà extrait.

Sang total :

• 1 tube de sang total EDTA (tube lavande) de 4,0 mL

ADN :

• 5 µg d’ADN purifié dans un volume minimal de 25 µL et dont le ratio D.O. 260/280 se situe entre 1,8 et 2,2.
• Les tampons suivants sont acceptés : Tampon Tris-EDTA (TE), H2O exempte de nucléases (Nuclease-free water) et tampon d’élution fourni dans une trousse d’extraction d’ADN commerciale.
• • Dans le cas des requêtes pour le profil «Hypercholestérolémie familiale», seul les échantillons de Sang total sont acceptés pour permettre l’analyse de larges variations génétiques – CNV.

Autres types de spécimens, incluant les spécimens d’autopsie moléculaire :

Pour de l’information concernant tout autre type de spécimen, veuillez contacter le laboratoire de diagnostic moléculaire.

Envoi des spécimens :

La double identification (deux identifiants uniques) est obligatoire pour tous les spécimens.

Premier identifiant (obligatoire) : Nom et prénom
Seconds identifiants acceptés : Date de naissance, RAMQ, numéro de dossier ou numéro local de spécimen.

Sang total :

Les envois des tubes de sang total sont effectués à la température pièce, selon les normes de transport des spécimens biomédicaux en vigueur*. Le délai maximal de réception des spécimens après la date de prélèvement est de sept (7) jours.

ADN :

• Les échantillons d’ADN peuvent être envoyés à la température pièce, ou dans une glacière si les échantillons ont été préalablement congelés.*

Autres types de spécimens, incluant les spécimens d’autopsie moléculaire :

Pour de l’information concernant tout autre type de spécimen, veuillez contacter le laboratoire de diagnostic moléculaire.

*Pour plus d'information, veuillez consulter les Règlements des Matières Dangereuses IATA ou les normes de transport des marchandises dangereuses de Transports Canada

Adresse d’expédition :

Laboratoire de diagnostic moléculaire
Local C-1760
Institut de Cardiologie de Montréal
5000, rue Bélanger Est
Montréal (Québec) H1T 1C8

L'équipe du laboratoire clinique :

• Julie Amyot Ph.D biochimiste clinique, Chef du laboratoire de diagnostic moléculaire
• Benjamin Neveu, Ph.D., Biochimiste clinique en voie de certification
• Joël Lavoie Ph.D. biochimiste clinique consultant
• Catherine Barahona-Dussault M.Sc. biochimiste
• Guillaume Sylvain-Drolet M.Sc. biochimiste
• Valérie-Anne Codina-Fauteux M.Sc. biochimiste
• Sandra Therrien-Laperrière M.Sc. bio-informaticienne
• Valérie Hay M.Sc. bio-informaticienne
• Marie-Claude Magny Spécialiste en assurance qualité
• Nathalie Lefebvre technologiste médicale
• Marie-Claude Tessier technologiste médicale
• Sadia Ouarezki technologiste médical
• Darrel Pudman technologiste médical
• Fariza Djerroud agente administrative
• Steffany Grondin Conseillère en génétique