Génétique et médecine génomique en inflammation

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Au cours de la dernière décennie, nous avons été témoins d'une explosion de découvertes en génétique et en génomique. Ces dernières ont transformé notre aptitude à identifier les variantes génétiques menant à de rares maladies monogéniques et celles qui jouent un rôle clé dans le développement de maladies communes issues d'une interaction complexe entre de multiples facteurs de risque génétiques et non génétiques. Ces découvertes comprennent le séquençage du génome humain, et l'identification des dizaines de millions de variantes génétiques communes (différences dans le code génétique d'une personne à l'autre) et de la structure génétique du génome humain. De plus, des percées technologiques nous ont permis de tester des millions de variantes au cours d'une seule expérience, et des technologies ont rendu possible le séquençage du génome entier d'une personne en seulement quelques jours.

L'un des plus grands défis auxquels nous faisons face aujourd'hui est de déterminer comment miser sur ces importantes découvertes pour améliorer la prévention des maladies et les soins de santé. Notre laboratoire a joué un rôle clé dans les découvertes génétiques citées ci-dessus et déploie tous les efforts pour relever cet important défi.  Notre groupe continue de développer et d'implanter de nouvelles approches visant à identifier les facteurs de risque génétiques, à déterminer les composantes biologiques affectées par ces variantes génétiques et à intégrer toute cette information de manière à améliorer le diagnostic des maladies et les options de traitement.  Nous utilisons une variété d'approches génétiques, génomiques et de biologie intégrative sur un ensemble varié de maladies inflammatoires, métaboliques et cardiovasculaires.   Quelques-uns de nos projets sont cités ci-après.  Pour une liste plus détaillée de nos projets et plateformes technologiques, veuillez visiter le site Web du laboratoire (voir le lien plus bas).

Membres de l'équipe

Azadeh Alikashani, M. Sc., assistante de recherche, génétique et génomique, azadeh.alikashani@inflammgen.org

Claudine Beauchamp, M. Sc., assistante de recherche, immunologie cellulaire, claudine.beauchamp@inflammgen.org

Gabrielle Boucher, M. Sc., analyses statistiques, gabrielle.boucher@inflammgen.org

Marie Chaix, M.D., étudiante des cycles supérieurs,
marie-Alexandre.chaix@inflammgen.org

Guy Charron, Ph. D., gestionnaire de projet, biologie intégrative, guy.charron@inflammgen.org

Sylvain Foisy, Ph. D., gestionnaire de projet, bioinformatique, sylvain.foisy@inflammgen.org

Hugues Gosselin, assistant de recherche, biologie intégrative, hugues.gosselin@inflammgen.org

Philippe Goyette, Ph. D, gestionnaire de projet, génétique et génomique, philippe.goyette@inflammgen.org

Frédéric Latour, M. Sc., bioinformatique, frederic.latour@inflammgen.org

Geneviève Lavallée, M. Sc., assistant de recherche, biologie moléculaire et cellulaire, geneviève.lavallée@inflammgen.org

Chloé Lévesque, étudiante des cycles supérieurs, chloé.lévesque@inflammgen.org

Virginie Mercier, étudiante des cycles supérieurs, virginie.mercier@inflammgen.org

Nicolas Morin, M. Sc., assistant de recherche, biologie moléculaire, nicolas.morin@inflammgen.org

Stevo Radinovic, M. Sc., assistant de recherche, automatisation de laboratoire, stevo.radinovic@inflammgen.org

Luis Raphael Silva, étudiant des cycles supérieurs, luisraphael.silva@inflammgen.org

Projets de recherche

Mort cardiaque subite

Malgré les récents progrès en matière de traitement et de prévention des coronaropathies, la mort cardiaque subite (MCS) demeure un problème de santé publique majeur avec une incidence annuelle de 50 à 100 cas par 100 000 personnes dans la population générale. On estime que parmi tous les cas de MCS, 80 % sont associés à des coronaropathies, 10 à 15 % à des cardiomyopathies et 5 % à la myocardite, aux anomalies coronariennes ou aux canalopathies (p. ex. les syndromes du QT long, de Brugada et du QT court). Notre groupe tente d'identifier les variantes génétiques importantes dans les formes mendéliennes (familiales) de la MCS ainsi que dans ses formes plus polygéniques.  Le but de ce travail est de permettre la prédiction et la prévention efficaces de la MCS.

Génétique, génomique et biologie intégrative des maladies inflammatoires chroniques

Les maladies inflammatoires chroniques affectent environ 5 % de la population mondiale et incluent notamment la maladie de Crohn, la colite ulcéreuse, le lupus et la sclérose en plaques. Au cours des dernières années, nous avons utilisé des études d'association pangénomiques afin d'identifier et de valider des centaines de facteurs de risque génétiques pour ces maladies.  Nous avons aussi montré comment des approches de séquençage de nouvelle génération peuvent être utilisées pour identifier le gène causal et les variantes causales dans les loci associés. Pendant que nous poursuivons nos efforts visant à identifier systématiquement le plus grand nombre de facteurs de risque génétiques et à déterminer lesquels sont spécifiques à une maladie et lesquels jouent un rôle important dans plusieurs maladies, nous déployons beaucoup d'efforts pour comprendre la fonction des gènes par des approches faisant appel à la bioinformatique, à la génomique et à la biologie intégrative.  Le but premier de nos travaux est de traduire des découvertes génétiques en une meilleure compréhension des systèmes biologiques complexes, en de meilleurs outils cliniques et de recherche, et en des traitements améliorés.  

Acidose lactique / maladie de Leigh de type canadien français

La maladie de Leigh de type canadien français est une maladie à transmission autosomique récessive qui mène à une déficience de la cytochrome c oxydase (COX). Les patients présentent des retards du développement, de l'hypotonie, une légère dysmorphologie faciale et un taux de mortalité élevé dans les cinq premières années de vie en raison d'épisodes graves de crises acidotiques et de coma. Il s'agit d'une maladie rare dans le monde, mais courante dans certaines régions du Québec, où le taux de portage est d'environ 1/22 et où la maladie affecte environ 1/2000 naissances vivantes.  En 2001, notre équipe a mappé le locus de la maladie de Leigh de type canadien français. Puis, en 2003, elle a identifié les deux mutations du gène LRPPRC qui causent la maladie, rendant possible le dépistage prénatal.  Depuis, nous avons formé un consortium regroupant des membres et des collaborateurs de partout en Amérique du Nord et en Europe. Ce groupe s'emploie à développer des outils de prédiction et des stratégies thérapeutiques visant à améliorer la survie et la qualité de vie des personnes atteinte de la maladie de Leigh de type canadien français.

Publications

John Rioux

Prix et distinctions

Octobre 2012 : Un groupe de recherche de Montréal obtient 1,8 M$ des NIH des États-Unis
Août 2011 : Une recherche sur la sclérose en plaques double le nombre de gènes associés
Février 2011 : Une recherche associe 29 régions génomiques à une forme commune des MII
Février 2010 : Un projet de recherche sur les MII recevra plus de 2,3 M$ des IRSC
Février 2010 : Nouvel espoir pour les patients souffrant d'acidose lactique
Octobre 2009 : Deux projets d'envergure choisis par le Fonds d'innovation Pfizer-FRSQ
Janvier 2009 : Des chercheurs de l'ICM contribuent à l'identification de nouveaux marqueurs génétiques de la CU
Août 2008 : Des chercheurs découvrent un nouveau gène pour le lupus et la polyarthrite rhumatoïde
Juin 2008 : Des chercheurs canadiens contribuent à une étude d'envergure sur la maladie de Crohn
Janvier 2008 : Un consortium international découvre des gènes importants pour le lupus chez les femmes
Avril 2007 : Une étude pangénomique identifie des gènes importants pour la maladie de Crohn
Janvier 2007 : M. Rioux et son équipe figurent sur la liste des 10 plus importantes découvertes de 2006
Octobre 2006 : Des scientifiques découvrent une cible génétique qui pourrait protéger contre les MII
Septembre 2006 : Une équipe internationale analyse des variations génétiques dans une région immunitaire clé

Membres de l'équipe

Azadeh Alikashani, M. Sc., assistante de recherche, génétique et génomique, azadeh.alikashani@inflammgen.org

Claudine Beauchamp, M. Sc., assistante de recherche, immunologie cellulaire, claudine.beauchamp@inflammgen.org

Gabrielle Boucher, M. Sc., analyses statistiques, gabrielle.boucher@inflammgen.org

Marie Chaix, M.D., étudiante des cycles supérieurs,
marie-Alexandre.chaix@inflammgen.org

Guy Charron, Ph. D., gestionnaire de projet, biologie intégrative, guy.charron@inflammgen.org

Sylvain Foisy, Ph. D., gestionnaire de projet, bioinformatique, sylvain.foisy@inflammgen.org

Hugues Gosselin, assistant de recherche, biologie intégrative, hugues.gosselin@inflammgen.org

Philippe Goyette, Ph. D, gestionnaire de projet, génétique et génomique, philippe.goyette@inflammgen.org

Frédéric Latour, M. Sc., bioinformatique, frederic.latour@inflammgen.org

Geneviève Lavallée, M. Sc., assistant de recherche, biologie moléculaire et cellulaire, geneviève.lavallée@inflammgen.org

Chloé Lévesque, étudiante des cycles supérieurs, chloé.lévesque@inflammgen.org

Virginie Mercier, étudiante des cycles supérieurs, virginie.mercier@inflammgen.org

Nicolas Morin, M. Sc., assistant de recherche, biologie moléculaire, nicolas.morin@inflammgen.org

Stevo Radinovic, M. Sc., assistant de recherche, automatisation de laboratoire, stevo.radinovic@inflammgen.org

Luis Raphael Silva, étudiant des cycles supérieurs, luisraphael.silva@inflammgen.org

Projets de recherche

Mort cardiaque subite

Malgré les récents progrès en matière de traitement et de prévention des coronaropathies, la mort cardiaque subite (MCS) demeure un problème de santé publique majeur avec une incidence annuelle de 50 à 100 cas par 100 000 personnes dans la population générale. On estime que parmi tous les cas de MCS, 80 % sont associés à des coronaropathies, 10 à 15 % à des cardiomyopathies et 5 % à la myocardite, aux anomalies coronariennes ou aux canalopathies (p. ex. les syndromes du QT long, de Brugada et du QT court). Notre groupe tente d'identifier les variantes génétiques importantes dans les formes mendéliennes (familiales) de la MCS ainsi que dans ses formes plus polygéniques.  Le but de ce travail est de permettre la prédiction et la prévention efficaces de la MCS.

Génétique, génomique et biologie intégrative des maladies inflammatoires chroniques

Les maladies inflammatoires chroniques affectent environ 5 % de la population mondiale et incluent notamment la maladie de Crohn, la colite ulcéreuse, le lupus et la sclérose en plaques. Au cours des dernières années, nous avons utilisé des études d'association pangénomiques afin d'identifier et de valider des centaines de facteurs de risque génétiques pour ces maladies.  Nous avons aussi montré comment des approches de séquençage de nouvelle génération peuvent être utilisées pour identifier le gène causal et les variantes causales dans les loci associés. Pendant que nous poursuivons nos efforts visant à identifier systématiquement le plus grand nombre de facteurs de risque génétiques et à déterminer lesquels sont spécifiques à une maladie et lesquels jouent un rôle important dans plusieurs maladies, nous déployons beaucoup d'efforts pour comprendre la fonction des gènes par des approches faisant appel à la bioinformatique, à la génomique et à la biologie intégrative.  Le but premier de nos travaux est de traduire des découvertes génétiques en une meilleure compréhension des systèmes biologiques complexes, en de meilleurs outils cliniques et de recherche, et en des traitements améliorés.  

Acidose lactique / maladie de Leigh de type canadien français

La maladie de Leigh de type canadien français est une maladie à transmission autosomique récessive qui mène à une déficience de la cytochrome c oxydase (COX). Les patients présentent des retards du développement, de l'hypotonie, une légère dysmorphologie faciale et un taux de mortalité élevé dans les cinq premières années de vie en raison d'épisodes graves de crises acidotiques et de coma. Il s'agit d'une maladie rare dans le monde, mais courante dans certaines régions du Québec, où le taux de portage est d'environ 1/22 et où la maladie affecte environ 1/2000 naissances vivantes.  En 2001, notre équipe a mappé le locus de la maladie de Leigh de type canadien français. Puis, en 2003, elle a identifié les deux mutations du gène LRPPRC qui causent la maladie, rendant possible le dépistage prénatal.  Depuis, nous avons formé un consortium regroupant des membres et des collaborateurs de partout en Amérique du Nord et en Europe. Ce groupe s'emploie à développer des outils de prédiction et des stratégies thérapeutiques visant à améliorer la survie et la qualité de vie des personnes atteinte de la maladie de Leigh de type canadien français.

Publications

John Rioux

Liens

Integrative Genomic Medicine
The Laboratory for Genetics and Genomics Medicine of Inflammation

Prix et distinctions

Octobre 2012 : Un groupe de recherche de Montréal obtient 1,8 M$ des NIH des États-Unis
Août 2011 : Une recherche sur la sclérose en plaques double le nombre de gènes associés
Février 2011 : Une recherche associe 29 régions génomiques à une forme commune des MII
Février 2010 : Un projet de recherche sur les MII recevra plus de 2,3 M$ des IRSC
Février 2010 : Nouvel espoir pour les patients souffrant d'acidose lactique
Octobre 2009 : Deux projets d'envergure choisis par le Fonds d'innovation Pfizer-FRSQ
Janvier 2009 : Des chercheurs de l'ICM contribuent à l'identification de nouveaux marqueurs génétiques de la CU
Août 2008 : Des chercheurs découvrent un nouveau gène pour le lupus et la polyarthrite rhumatoïde
Juin 2008 : Des chercheurs canadiens contribuent à une étude d'envergure sur la maladie de Crohn
Janvier 2008 : Un consortium international découvre des gènes importants pour le lupus chez les femmes
Avril 2007 : Une étude pangénomique identifie des gènes importants pour la maladie de Crohn
Janvier 2007 : M. Rioux et son équipe figurent sur la liste des 10 plus importantes découvertes de 2006
Octobre 2006 : Des scientifiques découvrent une cible génétique qui pourrait protéger contre les MII
Septembre 2006 : Une équipe internationale analyse des variations génétiques dans une région immunitaire clé