Plateforme métabolomique

La plateforme métabolomique procède à des analyses de métabolomique et de lipidomique, en ciblé et non ciblé, en spectrométrie de masse couplée à la chromatographie gazeuse ou liquide (GC-MS, LC-MS/MS).

Nous offrons nos services tant à la communauté universitaire qu’à l’industrie. Nous pouvons vous accompagner dans vos projets de recherche dès leur mise en œuvre incluant le devis expérimental, la préparation des échantillons, l’analyse et l’interprétation des résultats afin d’assurer le succès de votre étude et de soutirer le maximum de nouvelles informations biologiques. Différentes classes de métabolites peuvent être investiguées de manière quantitative, semi-quantitative ou relative selon le type d’analyse. Dans le cas de la lipidomique, l’annotation des lipides d’intérêt avec leurs chaînes acyles et leur position (sn) peut être effectuée par MS/MS.

Les matrices validées et analysées jusqu’à présent incluent chez l’humain et/ou la souris : plasma, sérum, globules rouges, mitochondries, cellules, lipoprotéines isolées, gouttelettes lipidiques, perfusat, lait maternel, tissus (cœur, foie, muscle, cerveau, placenta, rein, tissus adipeux, îlots pancréatiques, moelle épinière). Nous pouvons aussi faire d’autres espèces comme par exemple : C. elegans ou bactéries. Pour toute nouvelle matrice, nous pouvons appliquer toutes nos méthodes d’analyse après avoir procédé à des tests de faisabilité.

Nous sommes également familiers avec d’autres types d’analyses incluant 1) le phénotypage métabolique et fonctionnel du cœur de souris (et de rat) par le biais de sa perfusion ex vivo en mode travaillant en présence de substrats marqués au carbone 13 ainsi que 2) l’analyse de flux métaboliques basée sur l’utilisation des substrats avec des isotopes stables.

Membres
Méthodes d’analyses
Publications
Liens
Contact

Membres

Directrice de la plateforme: Christine Des Rosiers
Co-directeur de la plateforme: Matthieu Ruiz

Assistants de recherche :

Bertrand Bouchard, M.Sc. microbiologie (27 années d’expérience) : Expertise en spectrométrie de masse (GC-MS & LC-MS/MS), incluant la préparation/analyse d'échantillons.

Courriel : bertrand.bouchard@mhi-rc.org

Anik Forest, M.Sc. physique et chimie (24 années d’expérience) : Expertise en spectrométrie de masse (LC-MS/MS) et analyse des résultats ("data mining").

Courriel : anik.forest@mhi-rc.org

Isabelle Robillard Frayne, M.Sc. chimie (17 années d’expérience) : Expertise en spectrométrie de masse (GC-MS & LC-MS/MS), préparation/analyse d'échantillons, des données et des résultats.

Courriel : isabelle.robillard@mhi-rc.org

Caroline Daneault, M.Sc. biochimie (13 années d’expérience) : Expertise en spectrométrie de masse (GC-MS & LC-MS/MS), préparation/analyse d'échantillons, des données et des résultats.

Courriel : caroline.daneault@icm-mhi.org

Julie Thompson Legault, M.Sc. nutrition (10 années d’expérience) : Expertise en métabolomique et coordination d'étude clinique.

Courriel : julie.thompson@mhi-rc.org

Méthodes d’analyses

Analyses non-ciblées (quantification relative) :
Lipidomique :
- Analyse de données non-ciblée ( >1500 entités reproductibles couvrant les classes listées ci-dessous; >500 lipides uniques) ou
- Analyse de données sur classe(s) choisie(s)
Exemple : Lipidomics unveils lipid dyshomeostasis and low circulating plasmalogens as biomarkers in a monogenic mitochondrial disorder - PubMed (nih.gov)

Classes investiguées jusqu’à présent :

Acide gras (acides gras libres ou liés aux glycérophospholipides et glycérolipides, acylcarnitines, acides dicarboxyliques à très longues chaînes)
Glycérophospholipides (lysophosphatidylcholine, phosphatidylcholine, glycérophosphocholines oxydés, lysophosphatidyléthanolamines, phosphatidyléthanolamines, lysophosphatidylinositol, phosphatidylinositol, lysophosphatidylsérine, phosphatidylsérine, lysophosphatidylglycérol, phosphatidylglycérol, lipides éthers dont les plasmalogènes)
Sphingolipides (sphingomyélines, hydroxysphingomyélines, céramides, hexoses céramides, désoxy-céramides)
Glycérolipides (diglycérides, triglycérides, époxytriacylglycérols, glycosyldiacylglycérols)
Stérols (cholestérol, esters et conjugués de stérols)
Cardiolipines
Prénols (ubiquinones)

Analyses ciblées (quantification absolue ou relative) :

Carnitine libre et acylcarnitines (C2 à C26; >50 isoformes analysables)

Exemple : Lipidomics unveils lipid dyshomeostasis and low circulating plasmalogens as biomarkers in a monogenic mitochondrial disorder - PubMed (nih.gov)

Dérivés de la glycolyse, de la voie des hexosamines et des pentoses phosphates

Exemple : First characterization of glucose flux through the hexosamine biosynthesis pathway (HBP) in ex vivo mouse heart - PubMed (nih.gov)

Acides aminés (21 AA) (quantification et enrichissement isotopique)

Exemple : Branched chain amino acids selectively promote cardiac growth at the end of the awake period - PubMed (nih.gov)

Acides organiques (12 AO) (quantification et enrichissement isotopique)

(L’analyse des AA et AO peut être combinée)

Exemple : Mitochondrial pyruvate carriers are required for myocardial stress adaptation - PubMed (nih.gov)

Acides gras (C14 à C26, dont n-3 et n-6, 29 total)

Exemple : Modulation of de Novo Lipogenesis Improves Response to Enzalutamide Treatment in Prostate Cancer - PubMed (nih.gov)

Oxyde de triméthylamine (TMAO) et métabolites associés
Flux métaboliques (¹³C et ²H)

Instruments de la plateforme :

2 LC-QTOF
1 LC-QQQ
2 GC-MS

Publications

Pubmed :

Christine Des Rosiers : My Bibliography - NCBI (nih.gov)

Matthieu Ruiz : My Bibliography - NCBI (nih.gov)

Liens

CMDO (rrcmdo.ca)

https://navigator.innovation.ca/fr/facility/universite-de-montreal/laboratoire-de-metabolomique

Contact

metabolomique.icm@mhi-rc.org

isabelle.robillard@mhi-rc.org

514 376-3330, poste 2133