Plateforme de métabolomique
Description
La plateforme métabolomique procède à des analyses de métabolomique et de lipidomique, en ciblé et non ciblé, en spectrométrie de masse couplée à la chromatographie gazeuse ou liquide (GC-MS, LC-MS/MS).
Nous offrons nos services tant à la communauté universitaire qu’à l’industrie. Nous pouvons vous accompagner dans vos projets de recherche dès leur mise en œuvre incluant le Différentes classes de métabolites peuvent être investiguées de manière quantitative, semi-quantitative ou relative selon le type d’analyse. Dans le cas de la lipidomique, l’annotation des lipides d’intérêt avec leurs chaînes acyles et leur position (sn) peut être effectuée par MS/MS.
Les jusqu’à présent incluent chez l’humain et/ou la souris :
- Cellules et organelles (cellules entières, mitochondries isolées, lipoprotéines isolées, gouttelettes lipidiques).
- Fluides biologiques (plasma, sérum, globules rouges, perfusat, lait maternel, lymphe).
- Tissus (cœur, foie, muscle, cerveau, placenta, rein, tissus adipeux, îlots pancréatiques, moelle épinière).
Nous pouvons aussi faire d’autres espèces comme par exemple : C. elegans ou bactéries. Pour toute nouvelle matrice, nous pouvons appliquer toutes nos méthodes d’analyse après avoir procédé à des tests de faisabilité.
Nous sommes également familiers avec d’autres types d’analyses incluant 1) le phénotypage métabolique et fonctionnel du cœur de souris (et de rat) par le biais de sa perfusion ex vivo en mode travaillant en présence de substrats marqués au carbone 13 ainsi que 2) l’analyse de flux métaboliques basée sur l’utilisation des substrats avec des isotopes stables.
Services offerts et expertise
- Pour recherche fondamentale
- Pour recherche clinique
Thèmes (exemples non exhaustifs)
- Hypertension pulmonaire
- Cardiomyopathies
- Maladie coronarienne
- Insuffisance cardiaque
- Sclérose latérale amyotrophique
- Maladie de Crohn
- Cancer
- Maladies dégénératives (Alzheimer)
- Maladies mitochondriales
- Ataxie de Friedreich
- Thalassémie
Types d'analyses
- Analyse de données non-ciblée (>1500 entités reproductibles couvrant les classes listées ci-dessous; >500 lipides uniques) ou
- Analyse de données sur classe(s) choisie(s).
- Exemple : Lipidomics unveils lipid dyshomeostasis and low circulating plasmalogens as biomarkers in a monogenic mitochondrial disorder – PubMed (nih.gov)
Classes investiguées jusqu’à présent
- Acide gras (acides gras libres ou liés aux glycérophospholipides et glycérolipides, acylcarnitines, acides dicarboxyliques à très longues chaînes)
- Glycérophospholipides (lysophosphatidylcholine, phosphatidylcholine, glycérophosphocholines oxydés, lysophosphatidyléthanolamines, phosphatidyléthanolamines, lysophosphatidylinositol, phosphatidylinositol, lysophosphatidylsérine, phosphatidylsérine, lysophosphatidylglycérol, phosphatidylglycérol, lipides éthers dont les plasmalogènes)
- Sphingolipides (sphingomyélines, hydroxysphingomyélines, céramides, hexoses céramides, désoxy-céramides)
- Glycérolipides (diglycérides, triglycérides, époxytriacylglycérols, glycosyldiacylglycérols)
- Stérols (cholestérol, esters et conjugués de stérols)
- Cardiolipines
- Prénols (ubiquinones)
- Carnitine libre et acylcarnitines (C2 à C26; >50 isoformes analysables)
Exemple : Lipidomics unveils lipid dyshomeostasis and low circulating plasmalogens as biomarkers in a monogenic mitochondrial disorder – PubMed(nih.gov) - Dérivés de la glycolyse, de la voie des hexosamines et des pentoses phosphates
Exemple : First characterization of glucose flux through the hexosamine biosynthesis pathway (HBP) in ex vivo mouse heart – PubMed(nih.gov) - Acides aminés (21 AA) (quantification et enrichissement isotopique)
Exemple : Branched chain amino acids selectively promote cardiac growth at the end of the awake period – PubMed(nih.gov) - Acides organiques (12 AO) (quantification et enrichissement isotopique)
(L’analyse des AA et AO peut être combinée)
Exemple : Mitochondrial pyruvate carriers are required for myocardial stress adaptation – PubMed(nih.gov) - Acides gras (C14 à C26, dont n-3 et n-6, 29 total)
Exemple : Modulation of de Novo Lipogenesis Improves Response to Enzalutamide Treatment in Prostate Cancer – PubMed(nih.gov) - Oxyde de triméthylamine (TMAO) et métabolites associés
- Dérivés de la voie des hexosamines
- Analyse du NADome
- Flux métaboliques (13C et 2H)
- Possibilité de développement de nouvelles méthodes selon faisabilité
Modalités de prestation
- Service
- Collaboration
Accompagnement inclus avec la modalité collaborative (en échange d’une participation à titre de co-auteur de la publication)
- Devis expérimental
- Préparation des échantillons
- Analyse et interprétation des résultats
Instrument de la plateforme
- 2 LC-QTOF
- 1 LC-QQQ
- 2 GC-MS
Lien complémentaire et descriptif de la plateforme de métabolomique
Responsables de la plateforme
- Christine Des Rosiers, directrice de la plateforme
- Matthieu Ruiz, co-directeur de la plateforme
Contributions à la recherche
Au cours des 5 dernières années, la plateforme de métabolomique
- a soutenu plus de 125 projets de recherche (interne et externe, national et international):
- a maintenu des collaborations récurrentes avec plusieurs chercheurs des centres de recherche suivants (liste non exhaustive) :
- Au Québec : le CR-CHUM, l’IRCM, Sainte-Justine, McGill, Université (U.) Laval;
- Au Canada : Sickkids (Toronto), U. d’Ottawa, U. Dalhousie (Halifax);
- À l’international : Université de Louvain (Belgique), Université de Rouen et Paris-Saclay (France), Seattle Childrens (É.-U.), U. of Alabama (É.-U.);
- a formé 7 étudiants au baccalauréat, 9 étudiants gradués (maitrise et PhD) et 2 chercheurs post-doctoraux;
- a participé à 29 publications;
- a développé de nouvelles méthodes semi-quantitatives telles que l’analyse du TMAO et métabolites associés, l’analyse des métabolites de la voie des hexosamines et l’analyse du NADome ayant contribué à l’obtention de subventions (co-PI ou co-appliquant) avec des collaborateurs récurrents, par exemple : ALS-Brain Canada, Weston Family Foundation, Intercentre du CMDO, Diabetes Canada/Cystic Fibrosis Canada, NuAge, New Frontiers ME Discovery Grant, FRQS-NSFC, etc.
Pour nous joindre
Coordonnatrice : Isabelle Robillard,
Courriel : isabelle.robillard@mhi-rc.org
Téléphone : 514 376-3330, ext 2133
Courriel de la plateforme :